Offre d'emploi Stage de Master/Ingénieur Informatique : développement d’outils avec interface graphique utilisateur pour l’analyse de données

84000 RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS Présentation INRAE L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.

INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal.

Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Environnement de travail, missions et activités Le phénotypage haut-débit consiste à caractériser la structure ou le fonctionnement de génotypes dans des conditions environnementales variées afin d’améliorer l’efficacité de la sélection variétale pour une agriculture durable et écologique.

L’infrastructure nationale PHENOME, associant INRAE, Arvalis – Institut du végétal, le GEVES et Terres Inovia a développé un réseau d’installations expérimentales équipées de robots et de drones qui génèrent un volume important de données, qu’il convient de traiter et stocker ou archiver. INRAE a mis en place un système d’information, nommé PHIS (Phenotyping Hybrid Information System), qui communique avec une plateforme de traitement de données de phénotypage, nommée 4P (Plant Phenotyping Processing Platform).

Ces outils permettent : Aux utilisateurs finaux d’accéder à l’ensemble des données, de les traiter, et de les visualiser tout en gardant une parfaite maîtrise de la traçabilité des opérations effectuées sur les données. Aux développeurs (ingénieurs et chercheurs) de maintenir ou développer de nouvelles chaînes de traitement, et les rendre disponibles aux utilisateurs dans 4P pour être appliqués à grande échelle. L’utilisation de 4P requiert certaines informations relatives à l’étalonnage des instruments utilisées (par exemple, les coefficients de balance des blancs pour une caméra RGB).

Les campagnes d’étalonnage sont très ponctuelles (au mieux une fois par an) et nécessitent des traitements spécifiques, disponibles aujourd’hui sous forme de scripts python. A partir de ces fichiers d’étalonnage et des données acquises, la plateforme 4P génère divers traits qui caractérisent l’état des plantes au cours de la culture, comme par exemple la hauteur.

Ces traits sont ensuite exportés dans le système d’information PHIS, qui conserve la traçabilité des traitements mis en œuvre de l’acquisition de la donnée jusqu’au calcul final.

Actuellement, Les chaînes de traitement 4P sont appliquées à chaque date d’acquisition de façon indépendante.

Elles ne permettent donc pas de traiter les séries temporelles obtenues, qui peuvent pourtant donner également des informations précieuses.

Un exemple est le calcul de la date d’épiaison (date à laquelle 50% des épis sont apparus) à partir de d’un comptage d’épis fourni par 4P à chaque date.

Par contre, ces séries temporelles sont disponibles dans PHIS et peuvent être requêtées en utilisant les web services et les packages R/Python développés pour interagir avec les données contenues dans PHIS. Votre mission consistera donc à (i) développer un outil avec une interface graphique pour mettre en forme les outils d’étalonnage disponibles dans PHENOME.

Cet outil devra être ergonomique à la fois pour les utilisateurs et pour les développeurs de la plateforme; et (ii) mettre en œuvre le calcul de variables issues de séries temporelles en utilisant des scripts d’analyse développés par les équipes de PHENOME sur des données issues de PHIS. Le stage comportera donc les étapes suivantes : Recensement des scripts existants et des données d’entrées nécessaires pour faire tourner ces scripts, en lien avec l’équipe EMMAH, ainsi qu’avec un panel d’utilisateur·rices. Identification des outils et méthodes permettant d’extraire ces données depuis PHIS : prise en main des web services et package Python, en lien avec l’équipe OpenSILEX à MISTEA. En lien avec EMMAH et OpenSILEX, mise en place de pipelines d’extraction puis de traitement de ces données. Développement de l’interface graphique pour l’étalonnage et Automatisation / intégration des solutions développées dans PHIS pour les séries temporelles. Des déplacements à Montpellier pour rencontrer l’équipe OpenSILEX/PHIS pourront avoir lieu. Formations et compétences recherchées Master/Ingénieur (Bac+5) Formations recommandées: Master 1 ou 2/Ingénieur Connaissances souhaitées : vous avez de solides connaissances en langage de programmation scientifique (Python). Aptitudes recherchées : vous êtes autonome, rigoureux(se) et présentez de bonnes aptitudes à travailler en équipe et à communiquer. Votre qualité de vie à INRAE En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) : - jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) - d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ; - de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ; - d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ; - de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; - d'activités sportives et culturelles ; - d'une restauration collective. Modalités pour postuler J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité.

A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

> Avantages:
• RTT
• Tarifs préférentiels