Offre d'emploi Stage : Modélisation métabolique de Fusarium graminarum

33612 CESTAS PIERROTON RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS Présentation INRAE L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.

INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal.

Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Environnement de travail, missions et activités
- Vous serez accueilli(e) au sein de au sein de l’UMR « Biodiversité, Gènes et Communautés » (BIOGECO), unité qui comprend plus de 100 personnes employées par INRAE et l'Université de Bordeaux.

Notre unité de recherches a pour ambition l'étude de la biodiversité terrestre, des gènes aux communautés, dans une perspective de gestion durable des écosystèmes.

Vous développerez vos recherches au sein de l’équipe Pléiade (équipe INRAE/Inria également hébergée au centre Inria de Bordeaux Sud-Ouest), qui développe des outils et méthodes numériques pour l'écologie microbienne numérique.

Le stage sera Co encadré par une experte de Fusarium graminearum dans l'unité MycSA.
- Contexte scientifique : Fusarium graminearum est un champignon pathogène de la famille des Nectriaceae responsable de la fusariose de l’épi, une maladie majeure affectant les céréales comme le blé, l’orge et le maïs.

Il provoque des pertes de rendement significatives et contamine les grains avec des mycotoxines.

Ces mycotoxines sont des métabolites secondaires agissant comme facteurs de virulence lors de l'invasion de la plante.

En outre, elle sont toxiques par ingestion des produits dérivés, posant un risque sanitaire important.

La modélisation de son métabolisme permet de mieux comprendre la physiologie du champignon ainsi que les déterminants de sa virulence (milieu, épigénome).
- Objectif : L'objectif principal de ce stage est de produire un modèle métabolique d'une souche de Fusarium graminearum à partir d'un génome annoté, validé par des données omiques comparant souches sauvages et mutantes dans des milieux métaboliques contrastés.

La construction de modèles métaboliques, plutôt bien balisée pour le règne bactérien, reste un défi pour les micro-organismes fongiques, en particulier pour le métabolisme secondaire.

L'objectif secondaire de ce stage est d'utiliser ce modèle métabolique comme support d'analyse de données épigénomiques. Le stage se déroulera dans l'équipe Pléiade (INRAE/Inria Bordeaux) en collaboration avec l'unité MycSA (INRAE Bordeaux).
- Vous serez plus particulièrement en charge de : l'utilisation de pipeline de construction de modèles métaboliques à partir de génomes annotés ainsi qu'à son adaptation à ce contexte (champignon pathogène). L’exploration de ce modèle par FBA la validation du modèle sur des critères formels, à dire d'expert et par comparaison à des données réelles (transcriptomique et métabolomique). une réflexion méthodologique sur l'intégration de données épigénomiques.
- Mots clés : Fusarium graminearum, modélisation métabolique, données omiques Le candidat ou la candidate recruté (e) partagera son temps entre l’unité Biogeco (Cestas) et l’équipe Pléiade (Inria Bordeaux Sud-Ouest).

Le stage sera co-encadré par une experte de Fusarium graminearum dans l'unité MycSA. Formations et compétences recherchées Master/Ingénieur (Bac+5)
- Formation recommandée : Master ou école d’ingénieur en bio-informatique
- Connaissances souhaitées : modélisation métabolique, pipeline de reconstruction de réseau métabolique.

Des connaissances en physiologie microbienne seraient un plus.
- Aptitudes recherchées : une appétence pour les sciences du vivant et pour l’application des mathématiques est souhaitée. Votre qualité de vie à INRAE En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) : - jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) - d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ; - de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ; - d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ; - de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; - d'activités sportives et culturelles ; - d'une restauration collective. Modalités pour postuler J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité.

A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

> Avantages:
• RTT
• Tarifs préférentiels